ในกรณีของเว็บไซต์สำนักข่าวประชาไท มหาวิทยาลัยเที่ยงคืนเห็นว่า ตลอดระยะเวลาที่ผ่านมาเว็บไซต์นี้ได้เปิดโอกาสให้ทุกฝ่ายแสดงความคิดเห็น พร้อมกันนั้นผู้อำนวยการเว็บไซต์ คือนางสาวจีรนุช เปรมชัยพร ก็ได้ทำหน้าที่ด้วยความระมัดระวัง ดังจะเห็นได้ว่ามีการลบข้อความที่ไม่เหมาะสมจะเผยแพร่สู่สาธารณะอยู่อย่างต่อเนื่อง อย่างไรก็ตาม โดยธรรมชาติของสื่อออนไลน์ทั่วไปนั้น มีการเคลื่อนไหวของข้อมูลข่าวสารอย่างรวดเร็วยิ่ง จนบางครั้งก็อาจปรากฏข้อความที่ไม่เหมาะสม ที่ผู้ดูแลสื่อออนไลน์อาจจะพลั้งเผลอไม่สามารถดูแลได้อย่างสมบูรณ์แบบตลอดเวลา ดังนั้น เจ้าหน้าที่ของรัฐจึงไม่ควรจะใช้อำนาจอย่างเข้มงวดจนเกินไปในการจัดการ แต่ควรมีความเข้าใจในลักษณะเฉพาะของสื่อออนไลน์ ตลอดจนเข้าใจในข้อจำกัดของมนุษย์ด้วย
อนึ่ง มหาวิทยาลัยเที่ยงคืนพิจารณาเห็นว่า ประเด็นเรื่องความมั่นคงของชาติ รัฐควรพิจารณาด้วยวิสัยทัศน์อันลึกซึ้งกว้างขวาง เพื่อสร้างความมั่นคงแก่ชาติไทยอย่างแท้จริง เช่น สร้างความมั่นคงแก่ชีวิตประชาชนในชาติทุกๆ มิติ อาทิ ความมั่นคงด้านปัจจัยสี่ ด้านสิ่งแวดล้อม และด้านวัฒนธรรมที่เอื้อต่อระบอบประชาธิปไตยและความเป็นธรรมทางสังคม เป็นต้น. รัฐไม่ควรอ้างความมั่นคงของชาติเพียงเพื่อบั่นทอนหรือลิดรอนสิทธิและเสรีภาพของประชาชน เพื่อให้ผู้กุมอำนาจรัฐสามารถอยู่รอด ดังที่ได้เคยเกิดขึ้นมาแล้วมากมายในอดีต เพราะจะทำให้สังคมไทยและชาติไทยอ่อนแอทางสติปัญญา จนไม่อาจเผชิญหน้ากับปัญหาในยุคโลกภิวัตน์ได้อย่างมีพลัง อันจะเป็นปัญหาที่ส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของชาติอย่างแท้จริง
